Mjesto radnje novog Shoguna je srednjovjekovni Japan u kojem se borbe za prevlast vode između devet klanova, od kojih se svaki pojedini bori za pravo da baš on bude jedini i pravi Shogun koji će ujediniti cijelu zemlju. Sa svakim od devet klanova će biti moguće igrati i svaki od njih će imati zasebnu kampanju, a igra će sadržavati i tridesetak neigrivih frakcija koje će igrat veliku ulogu u samoj igri. Što se same borbe tiče, u igri postoji sustav, kako za pomorsku, tako i za kopnenu bitku. Kopnene bitke su vrlo slične onima iz Napoleon: Total Wara, ali s očitom razlikom u načinu borbe i izgledu samih jedinica jer se tu ipak radi o srednjovjekovnom Japanu. Jedinice su različite, a čine ih samuraji, kopljanici, strijelci (neki od njih će ispaljivati zapaljive strijele) i konjanici.

Sama mehanika kopnene borbe također je rađena po uzoru na gore spomenutu igru i sadržava elemente poput moralne skale, jedinstvenih borbenih formacija i naravno generala koji jamče dobar moral i razne bonuse tijekom borbi. Osvajanje dvorca je dobilo dodatnu težinu u smislu strategijskog planiranja jer ćete sada, kad jednom uspijete probiti debele zidine zamka, morati i navoditi vaš u vojsku po unutrašnjosti dvorca. Pomorske bitke su, za razliku od kopnenih, unaprijeđene i poboljšane. Iako će se borbe odvijati isključivo po principu brod na brod, kopno će igrati veliku ulogu u bitkama jer će se brodovi moći napasti i s kopna ukoliko se brod previše približi uvalama. Igrač će moći na tim mjestima   zarobiti neprijateljski brodicu, što daje igri mnogo veću dubinu po pitanju strateškog planiranja.