Amazon teče kroz Peru, Brazil i dijelimično kao pogranična rijeka kroz Kolumbiju. Izvori Amazona nalaze se na Andima, odakle rijeka teče u zapadnom pravcu. Amazon ima nekoliko izvornih rijeka, i od zavisnosti od toga koja se uzme za glavnu dobijaju se različite dužine. Najčešće se za izvornu rijeku uzima Ukajali, rjeđe Maraňón. Po peruanskim podacima Amazon je najduža rijeka na svijetu. Zajedno sa rijekom Ukajali i Apurimak njena dužina iznosi skoro 7100 kilometara, dok dužina Amazona iznosi oko 6400 km.

U srednjem toku, od ušća Javari do ušća Rio Negro, Amazon nosi ime Solimôes. U tom dijelu širina rijeke dolazi i do 20 km, dok u donjem toku dolazi i do 100 km. Njegovo ušće u Atlantski okean ima oblik ogromne delte sa brojnim rukavcima razdvojenim jedni od drugih. Najveći od njih imaju osobine estuara, počinjući čak i 350 km od okeana.

Maksimalan protok na ušću iznosi 300 000 m3/s (srednji godišnji protok iznosi oko 120 000 m3/s). Ove ogromne mase slatke vode uzrokuju pojavu da je voda i 400 km od ušća i dalje slatka.