Učitelj mladih ninja kornjača, štakor Splinter, trudi se održati borbeni duh svojih razigranih učenika. On će im itekako zatrebati kada se u New Yorku počnu događati čudne stvari. Ne bi li zavladao svijetom, bogati industrijalac Max Winters pokreće vojsku drevnih čudovišta. Jedino borilački tim super ninja, Rafaelo, Donatello, Michelangelo i Leonardo, može se oduprijeti čudovišnoj najezdi koja prijeti pokoriti svijet.