Deset najdužih rijeka u Hrvatskoj su:

Dunav je druga po dužini europska rijeka koja izvire u Schwarzwaldu u Njemačkoj, a utječe u Crno more. Osim Hrvatske Dunav povezuje još 9 država i čini jedan od glavnih riječnih plovnih putova u Europi. Glavna hrvatska riječna luka na Dunavu je Vukovar, koja nakon prekida rada u razdoblju Domovinskog rata ponovno povećava obujam prometa. Sava je, prema ukupnoj dužini vodotoka u RH, najznačajnija i najdulja hrvatska rijeka. Karakterizira je kišni ili pluvijalni riječni režim, a zbog velike protočnosti od skoro 2000 km³/s pogodna je za plovidbu od Siska nizvodno. Za poboljšanje hrvatskog riječnog plovnog puta trebao bi se izgraditi već isplanirani plovni kanal Sava-Dunav između Šamca i Vukovara. Drava od svog izvorišta u talijanskim Dolomitima povezuje Austriju, Sloveniju, Hrvatsku i Mađarsku. Ima snježno-kišni ili nivalno-pluvijalni riječni režim. Zbog bogatstva vodom koristi se za opskrbu elektroenergetskog sustava energijom iz nekoliko hidroelektrana. Plovna je od Donjeg Miholjca, a glavna luka je Osijek. Drava je na svom utoku u Dunav stvorila prirodni rezervat Kopački rit koji je stanište brojnih vrsta ptica.

Najvažnije rijeke jadranskog slijeva jesu Neretva i Cetina. Neretva je poznata po svojoj plodnoj delti koja je poljoprivredno valorizirana pa u njoj uspijeva južno voće, dok je Cetina poznata po brojnim hidroelektranama od kojih je najpoznatija "Peruča" i umjetno stvorenom Peručkom jezeru. Ostale rijeke su u Istri (Dragonja, Mirna, Raša i Boljunčica) i Dalmaciji (Zrmanja, Krka, Čikola, Jadro).

Poseban su fenomen rijeke ponornice (Pazinčica, Lika, Gacka, Krbava) koje u ponorima poniru u krško podzemlje.

U Hrvatskoj nema veliki broj prirodnih jezera. No napravljena su brojna umjetna jezera radi ribarstva  ili iskorištavanje hidroenergije. Najpoznatiji ribnjaci su Jasinje ili Jelas kod Broda (20 km²), Sišćani kod Čazme (18 km²), Končanica kod Grubišnog polja (oko 14 km²) i Borovik u blizini Đakova. Najveće umjetno jezero je akumulacija Peruča (oko 13 km²). Ostala poznatija umjetna jezera su Butoniga u Istri, Lokvarsko i Fužinsko jezero u Gorskom kotaru, Krušćičko u Lici, Dubravsko jezero na Dravi. Najveće prirodno jezero je Vransko jezero kod Biograda (30,7 km²). Važno prirodno jezero na Cresu je Vransko jezero. Ostala značajnija prirodna jezera su Prokljansko jezero, Visovačko jezero, Veliko i Malo jezero na Mljetu, Baćinska jezera kod Ploča, Crveno i Modro jezero kod Imotskoga. Naljepša i najpoznatija jezera su Plitvička jezera, koja su najstariji nacionalni park u Hrvatskoj, a uvrštena su u svjetsku prirodnu baštinu UNESCO-a.