Prototype je igra koja je smještana u New Yorku gdje Alex Mercer koji širi virus, radi svkakakve ludosti da sazna tko je i što je, a njegova sestra mu pomaže u tome. Na Alexu su radili pokuse radi poništavanja virusa, ali je alex pobjegao iz laboratorija i tako širi virus. A usto je dobio nevjerovatne moći s kojima otkriva svoj identitet. Na pokusima je izgubio pamćenje pa je zato i pobjegao. Alex se bori protiv vojnika i zombija da donese pravdu.