Upravo se takav događaj odvija u Sniper Ghost Warrioru 3 na sjevernom dijelu Gruzije. Naime, ruski Separatisti nemilosrdnim akcijama izazivaju strah među gruzijskim stanovništvom. S vremenom se i običan puk zasićuje separatističkog ugnjetavanja pa on zajedno s vojskom gerilskim načinom ratovanja vodi oslobodilački pokret. Rotki Lionsima, kako se oni nazivaju, glavni će junak pomagati direktno kroz sporedne misije ili indirektno preko vlastitih operacija. Protagonist ove priče je, zamisli čuda, Amerikanac imena Jonathan North koji je na područje Gruzije stigao s namjerom da pronađe svojeg mlađeg brata Roberta, kojeg je ukrao, zamisli još većeg čuda, jedan Rus. Bratu nema traga već dvije godine, no Jon ne namjerava odustati, a podršku dobiva i od bivše djevojke Lydije, brutalne crvenokose Raquel te, sa značajno manjim žarom, nadređenog Franka Simmsa. Naime, Frank smatra da se Jon treba okaniti duhova prošlosti te svoj fokus prebaciti na zadatak koji mi ju je dodijelila država.